检查结肠的三种主要方法为：结肠镜检查、钡灌肠和电脑断层扫描（CT）结肠造影（又称虚拟结肠镜检查）。这三种方法都需要病患事先清理肠道，以便让医生清楚地看到整段的结肠。
最准确、最常见和受推荐的结肠癌筛查是结肠镜检查。它不仅提供了结肠的清晰影像，也能让医生获取组织样本来进行活检，并当场切除异常生长。
1. 结肠镜检查
结肠镜检查被认作结肠癌筛查最理想的方法。将一个装有照明和摄像机且可弯曲的小管子从肛门插入，并一路穿过结肠，为医生提供高质量的结肠内部实时图像。
如果发现任何异常生长，医生可以当场切除或取出细胞组织进行活检，以确定是否癌变。
此程序一般在麻醉状态下进行，所以过程是无痛的。术后，您可能只会感到轻微的不适，如腹胀等。结肠壁穿孔属于罕见的并发症，而在有经验的结直肠外科医生手中，这种情况不太可能发生的。
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2. 钡灌肠
钡灌肠的检查方式是使用管子插入肛门，通过管子将钡倒入肛门。随后让病人翻身，以便钡能流经整个结肠。在这之后，再将钡排出来，然后通过管子泵入空气，使结肠充气膨胀(以便得到更清晰的图像)。病患将被要求转换不同姿势拍摄X光图像。
3. CT结肠造影（虚拟结肠镜检查）
CT结肠造影的检查方式是将一根管子插入肛门，并通过管子泵入1至1.5公升的空气使结肠膨胀，然后让病患仰卧在CT扫描仪上进行静脉注射以及扫描。之后，病人得俯卧并重复同样的步骤。结肠的虚拟图像由此产生。
3种筛查方法的比较
目前，钡灌肠筛查几乎已被CT结肠造影所取代。与结肠镜检查相比，CT结肠造影的主要优势是穿孔率较低（0.05%对比结肠镜0.10%）。一些患者也担心进行结肠镜能感觉到结肠插管的侵入性。
CT结肠造影不在麻醉状态下进行，所以当空气被泵入时，大多数病患将感到胀气或不适。造影也需使用辐射，另外静脉注射造影剂时则带肾脏损伤的轻微风险。CT结肠造影的准确性比结肠镜检查也略低一些。
最重要的区别是，CT结肠造影只能诊断和检测息肉和癌症的存在，仍然需进行结肠镜来切除息肉或活检任何可疑区域来检测癌症。